سلبيات نظام التقويم الشامل واستحالة تطبيقه في الواقع بسبب العديد من المشاكل الحقيقية الموجودة بالتعليم منها:-
1- الكثافات العالية والمناهج العقيمة وغير المرتبة وخاصة منهج الرياضيات بالإعدادي
2- نظام الفترتين مؤكداً أنه لابد أن يكون من يشارك في وضع المناهج من المعلمين المشهود لهم بالكفاءة.
3- أن المعلم يقوم بعدة أشياء لتطبيق التقويم الشامل بشكل خاطئ منها شرح المنهج المقرر بكل
سلبياته من حشو ولخبطة وتمارين عقيمة وكثرة الموضوعات غير الهامة وتهميش الموضوعات الهامة.
4- أن المعلم يقوم بحصر الغياب في أول الحصة لعدد من الطلاب لا يقل في الغالب عن 60 أو 65 طالباً
5- أن كل طالب يقوم شفوياً وسلوكياً وفي النشاط مرة كل شهر ويقسم الطلاب إلي مجموعات لعمل نشاط مصاحب للمادة مرة كل أسبوع ويهتم بالطلاب الضعاف ويعمل لهم برامج علاجية ويهتم بالطلاب الموهوبين حبراً علي ورق.
أن تطبيق نظام التقويم الشامل في ظل البيئة غير المناسبة والظروف التعليمية المتدهورة وواقعنا التعليمي الواضح لنا جميعاً أشبه بواحد يبني بيتاً ويجمله ويصرف علي تزيينه والبيت أصلاً أساسه ضعيف جداً.